Ситуация такова - родственники купили в 2001 году земельный участок и дом под снос; оформление купли-продажи только через нотариуса, в регпалату документы не носили, так как собирались перестраивать дом.
Строились, в 2003 году вызвали техников БТИ, начали оформлять проекты на дом. В регпалату снова не пошли, так как еще сараи/бани нужно было строить.
Прошло время, планы на дом изменились, надумали его продавать. Нашлись покупатели (со своим риэлтором). Перед продажей оформили дом в регпалате. Специально уточняли у риэлтора про право собственности - убедила, что право с момента покупки, а не оформления в реглпалате. Я тоже смотрела в инете в прошлом году, находила много таких спорных случаев, но сложилось спечатление, что общая практика именно такая - право собственности с момента покупки. Успокоились про вычеты (так ка документов на стройматериалы за такой срок не сохранились, да и не собирали, т.к. не думали продавать). Оформили договор купли-продажи - ипотечная сделка, деньги родственникам отдал банк.
А сейчас налоговая прислала уведомление - мол, владели меньше трех лет, поэтому вся сумма идет в доход, бешеная сумма налога, плюс огромный штраф за неуплату.

Что делать?
Добавлено спустя 25 минут 36 секунд:
Выяснились следующие "отягчающие" подробности

Дедушка (дом был оформлен на него) заключал договор с риэлтором покупателей на "оказание услуг", предмет договора - продать дом за определенную сумму, все, что выше - идет риэлтору.
Затем заключали договор задатка, где была указана сумма, на 20% больше, чем в пред.договоре. Риэлтор сказала, что именно за такую сумму будет оформление сделки в банке, соответственно эти 20% - ее навар.
Когда оформляли сделку в банке, дедушку позвали подписать договор, и получить деньги. Как сами понимаете, он подписал, не читая




Когда пришла пора готовить декларацию залезли в документы и обнаружили, что договора на куплю-продажу (на новую сделку) нет. В регпалате искали оригинал - не нашли. Поехали к риэлтору за копией. Копия поразила - сумма договора больше первоначальной (и полученной на руки) на 65%

Вот и сдали декларацию

Понимаю, что сами себе буратины, подписывали не глядя и т.д., сама осознаю, что допустила ошибку, позволив оформлять сделку самим - прошу по этому поводу не флеймить.
Нужны реальные советы, ссылки на статьи, на практику - права ли налоговая, что делать для минимизации суммы налога и т.д.